2026년 세제개편안, 비사업용 토지 양도세 20%p 중과 — 공장·토지 소유자가 지금 확인할 7가지

2026년 8월 3일 재정경제부가 발표한 「2026년 세제개편안」의 부동산 관련 핵심은 한 문장으로 요약됩니다. 비사업용 토지를 계속 놀리면 세금으로 압박하겠다는 것입니다.

시행은 2028년 1월 1일부터입니다. 발표와 적용 사이의 이 2년이 토지 소유자에게 주어진 유일한 대응 시간입니다.

아래는 토지·공장·산업용 부동산에 직결되는 항목만 추린 것입니다. 아파트·다주택 관련 내용은 다루지 않습니다.

한눈에 보는 요약

구분	현행	개편안	시행 시기
비사업용 토지 장기보유 공제	적용	적용 배제	2028.1.1. 양도분
비사업용 토지 양도세(개인)	기본세율 +10%p	기본세율 +20%p	2028.1.1. 양도분
비사업용 토지 법인세 추가과세	양도소득의 10%	20%	2028.1.1. 양도분
종합합산토지 종부세(45억 초과)	3%	4%	2028.1.1. 납세의무 성립분
별도합산토지 종부세(공장·상가 부지)	0.5~0.7%	현행 유지	—
공익사업용 토지 양도세 감면	2026.12.31. 종료	2028.12.31.까지 연장	즉시
공익사업 공장·물류시설 이전 특례	거주자 + 내국법인	내국법인만 (상시화)	2027.1.1.~ (경과조치 있음)
전답 임대소득 비과세	전면 비과세	농지법 위반 시 제외	2027.1.1. 발생분
가업상속공제 토지 인정 배율	3~7배	수도권 2배 / 그 외 3배	2027.7.1. 상속개시분

1. 비사업용 토지, 세 방향에서 동시에 조인다

이번 개편안에서 가장 무게가 실린 항목입니다. 재정경제부가 밝힌 개정 이유는 세 항목 모두 동일하게 “토지의 효율적 활용 유도”입니다. 세수 확보보다는 유휴 토지를 시장에 나오게 하겠다는 정책 의도가 명확합니다.

① 장기보유특별공제에서 아예 빠집니다

현재 장기보유특별공제가 배제되는 자산은 미등기 양도자산과 조정대상지역 양도세 중과 주택, 두 가지뿐입니다. 여기에 비사업용 토지가 추가됩니다.

이게 왜 중요한지는 숫자를 넣어보면 바로 보입니다. 15년 이상 보유한 토지는 현재 양도차익의 30%를 공제받습니다. 오래 들고 있던 땅일수록 타격이 큽니다.

② 중과세율이 +10%p에서 +20%p로

개인이 비사업용 토지를 팔 때 붙는 추가 세율이 두 배가 됩니다. 기본세율 6~45%에 20%p가 얹히면 최고 구간에서 65%가 됩니다. 여기에 지방소득세 10%가 별도로 붙습니다.

③ 법인도 예외 없습니다

법인이 비사업용 토지를 양도할 때 내는 법인세 추가과세도 양도소득의 10%에서 20%로 인상됩니다. 법인 명의로 토지를 보유 중인 중소기업이라면 반드시 확인이 필요한 부분입니다.

내 토지는 사업용일까, 비사업용일까

비사업용 토지 판정은 지목별 기준과 기간 기준을 함께 봅니다. 현행 소득세법 체계 기준으로 정리하면 이렇습니다.

지목	사업용으로 인정받는 조건
농지(전·답·과수원)	재촌(농지 소재지 또는 연접 시·군·구 거주) + 자경
임야	재촌 요건 충족 또는 공익·산림보호 목적 등 법정 사유
목장용지	축산업 영위 + 기준면적 이내
나대지·잡종지	재산세 별도합산 또는 분리과세 대상이면 사업용, 종합합산 대상이면 원칙적으로 비사업용
건축물 부속토지	용도지역별 배율(기준면적) 이내 부분만 사업용, 초과분은 비사업용

여기에 기간 요건이 함께 적용됩니다. 양도일 직전 3년 중 2년 이상, 직전 5년 중 3년 이상, 그리고 전체 보유기간의 60% 이상을 사업용으로 사용해야 사업용 토지로 인정받습니다. 세 조건 중 하나만 충족하면 됩니다.

실무에서 자주 걸리는 대목이 건축물 부속토지의 기준면적입니다. 공장을 지어놓고 마당을 넓게 쓰는 경우, 건축물 바닥면적에 용도지역별 배율을 곱한 면적을 초과하는 부분은 비사업용으로 분류될 수 있습니다. 공장 부지를 검토할 때 건폐율만 볼 게 아니라 이 기준면적을 함께 계산해 봐야 하는 이유입니다.

다만 판정 기준은 개별 사안마다 세부 요건과 예외가 많습니다. 지목, 실제 사용 현황, 보유 기간, 상속·수용 여부 등에 따라 결론이 달라지므로, 금액이 큰 거래라면 사전에 세무 검토를 받으시는 편을 권합니다.

2. 종합부동산세 — 종합합산이냐 별도합산이냐

토지분 종합부동산세에서도 변화가 있습니다. 다만 방향이 갈립니다.

종합합산토지: 45억 초과 구간 3% → 4%

나대지, 잡종지처럼 재산세 종합합산 대상인 토지의 최고 세율 구간이 인상됩니다.

과세표준	현행	개편안
15억 원 이하	1%	1%
15억 원 초과 ~ 45억 원 이하	2%	2%
45억 원 초과	3%	4%

별도합산토지: 변동 없음

반면 상가·공장·물류시설 부지 등 별도합산 대상 토지의 세율은 그대로 유지됩니다. 상세본에도 “(좌 동)”으로 명시돼 있습니다. 현행 0.5%(200억 이하) / 0.6% / 0.7%(400억 초과) 구조가 유지됩니다.

이 대비가 이번 개편안의 성격을 잘 보여줍니다. 실제 사업에 쓰이는 땅은 건드리지 않고, 놀리는 땅에만 부담을 얹는 구조입니다. 공장 부지나 산업용 토지를 정상적으로 가동 중이라면 종부세 측면에서는 추가 부담이 없습니다.

한 가지 더, 종부세 공정시장가액비율의 법정 범위 하한이 60%에서 70%로 상향됩니다(2027.1.1. 이후 납세의무 성립분). 단계적 상향 계획은 주택분을 중심으로 제시돼 있으나, 토지분에도 동일한 범위 규정이 적용되므로 향후 시행령 개정 내용을 함께 확인하실 필요가 있습니다.

3. 장기보유특별공제, 이름이 두 개로 나뉩니다

제도 자체가 이원화됩니다(2028.1.1. 양도분부터).

새 명칭	대상
장기거주 소득공제	주택, 조합원입주권(관리처분계획인가 전 주택인 경우)
장기보유 소득공제	토지, 건물(주택 외), 조합원입주권(관리처분계획인가 전 주택 외 건물·토지인 경우)

토지·공장 건물 소유자에게 적용되는 것은 “장기보유 소득공제”입니다. 공제율은 연 2%, 최대 30%로 현행과 동일하게 유지됩니다. 명칭 변경이 주된 내용이라 실무상 큰 혼란은 없을 것으로 보입니다.

단, 앞서 본 것처럼 비사업용 토지는 이 공제 자체에서 배제됩니다. 이름만 바뀐 게 아니라 적용 대상이 좁아진 것입니다.

4. 수용·공익사업 — 화성권에서 특히 중요한 항목

송산그린시티, 산업단지 확장, 도로 개설 등 공익사업이 활발한 지역에서는 이 항목이 앞선 내용보다 더 직접적일 수 있습니다.

① 공익사업용 토지 양도세 감면: 2028년 말까지 2년 연장

2026년 12월 31일로 종료 예정이던 감면이 2028년 12월 31일까지 연장됩니다. 요건과 감면율은 그대로입니다.

• 요건: 사업인정고시일 기준 2년 이상 보유 + 사업시행자에게 양도 또는 수용
• 감면율: 현금보상 15%, 채권보상 20% (만기 3년 이상 채권 35%, 5년 이상 45%)

② 대토보상 과세특례도 2028년 말까지 연장

보상금을 현금이 아니라 사업시행자가 조성한 토지로 받는 경우, 양도소득세 40% 감면 또는 과세이연을 선택할 수 있는 특례 역시 2028년 12월 31일까지 연장됩니다.

③ 공장·물류시설 이전 특례: 개인은 대상에서 빠집니다

이 항목은 방향이 다릅니다. 주의해서 보셔야 합니다.

공익사업 시행으로 공장이나 물류시설을 이전할 때 양도소득세를 분할납부할 수 있는 특례가 있습니다. 개편안은 이 특례를 상시화(적용기한 삭제)하는 대신, 적용 대상을 기존 “내국인(거주자 + 내국법인)”에서 “내국법인”으로 축소합니다.

즉 개인 사업자 명의로 공장을 보유하다가 공익사업으로 이전하는 경우, 이 분할납부 특례를 더 이상 쓸 수 없게 됩니다.

다만 경과조치가 있습니다. 2026년 12월 31일 이전에 거주자가 공장·물류시설을 이전·양도하는 분은 종전 규정이 적용됩니다. 개인 명의 공장의 수용·이전이 진행 중이라면 일정 관리가 중요해지는 대목입니다.

참고로 이 특례의 나머지 요건(사업인정고시일 현재 공장 2년 이상 가동 / 물류시설 5년 이상 사용, 수도권 과밀억제권역 등 제외지역 밖으로 이전, 공장 5년 거치 5년 분할납부·물류시설 3년 거치 3년 분할납부)은 그대로 유지됩니다.

5. 농지 — 임대소득 비과세에 단서가 붙습니다

현재 논·밭을 작물 생산에 이용하게 해서 발생하는 임대소득은 전액 비과세입니다. 개편안은 여기에 “농지법을 위반한 경우 제외”라는 단서를 신설합니다(2027.1.1. 이후 발생 소득분부터).

개정 이유는 “농지의 적법한 이용 유도”입니다. 농지법상 임대차가 허용되지 않는 농지를 임대하고 받은 소득에는 과세하겠다는 취지로 읽힙니다.

농지법은 원칙적으로 자경을 전제로 하며, 임대차는 상속받은 농지, 8년 이상 자경 후 이농한 농지, 농업진흥지역 밖 일정 규모 이하 농지 등 법이 정한 예외에서만 허용됩니다. 최근 몇 년간 농지 이용 실태조사가 강화돼 온 흐름과 같은 방향입니다.

농지를 보유하면서 임대료를 받고 계시다면, 해당 임대차가 농지법상 허용되는 유형에 해당하는지 미리 점검해 두시는 것이 안전합니다.

이와 함께 경영회생 지원사업 관련 농지 환매 시 양도소득세 환급 특례에는 2029년 12월 31일이라는 적용기한이 신설됩니다. 현재는 기한이 없던 제도입니다.

6. 가업상속공제 — 공장 부지 인정 범위가 줄어듭니다

제조업 오너 경영자에게는 이 항목이 가장 큽니다. 가업상속공제에서 사업용 토지로 인정하는 면적 배율이 대폭 축소됩니다.

구분	현행	개편안
인정 배율(건축물 바닥면적 기준)	3~7배 (상업지역 3배, 공업지역 4배, 도시지역 외 7배 등)	2~3배 (수도권[인구감소지역 제외] 2배, 그 외 3배)
토지 공제한도	없음	㎡당 1,000만 원 (신설)

개정 이유는 “토지에 대한 과도한 지원 합리화”이며, 2027년 7월 1일 이후 상속이 개시되는 분부터 적용됩니다.

화성을 포함한 수도권 소재 공장은 인정 배율이 공업지역 기준 4배에서 2배로 절반이 됩니다. 여기에 ㎡당 1,000만 원이라는 공제한도까지 신설되므로, 부지가 넓고 지가가 높은 수도권 공장일수록 공제 가능 금액이 눈에 띄게 줄어들 수 있습니다.

가업승계를 준비 중인 제조업체라면, 상속 개시 시점이 2027년 7월 1일 전후 어디에 놓이는지에 따라 결과가 크게 달라질 수 있습니다. 세무·법률 전문가와 함께 미리 시뮬레이션해 보실 것을 권합니다.

7. 창업중소기업 세액감면 — 지방 우대가 강화됩니다

직접적인 부동산 세제는 아니지만, 공장 입지를 검토 중인 창업 단계 기업이라면 함께 보셔야 할 항목입니다.

기존에 “수도권 과밀 / 수도권 일반 / 비수도권” 3단계였던 지역 구분이 4단계로 세분화되고, 비수도권 감면율이 상향됩니다. 일반 중소기업 기준으로 비수도권 우대지역은 최대 70%, 수도권 과밀억제권역은 감면 대상에서 제외됩니다. 우대 유형에는 점프업 중소기업과 신산업 중소기업이 새로 추가됩니다.

동시에 지방이전·특구입주 조세특례의 남용 방지 장치도 강화됩니다. 지방으로 이전한 뒤 수도권에 사실상 동일한 사업장을 다시 설치하는 이른바 ‘위장이전’에 대해 감면세액 추징과 향후 특례 적용 배제 규정이 신설됩니다.

시행 시기 정리

시점	적용 항목
즉시	공익사업용 토지 감면·대토보상 특례 기한 연장 (2028.12.31.까지)
2026.12.31.	공장·물류시설 이전 특례 — 개인(거주자) 적용 경과조치 마감
2027.1.1.	전답 임대소득 비과세 단서 / 종부세 공정시장가액비율 범위 조정 / 지방이전 특례 요건 합리화
2027.7.1.	가업상속공제 토지 인정 배율 축소 및 공제한도 신설
2028.1.1.	비사업용 토지 3종(장특공제 배제·개인 중과 20%p·법인 추가과세 20%) / 종합합산토지 종부세 세율 인상 / 장특공제 이원화

지금 무엇을 확인해야 할까

20년 가까이 공장과 토지 중개를 하면서 느낀 것은, 세법이 바뀔 때 손해를 보는 쪽은 대개 “내 땅이 어떤 상태인지 모르고 있던 분들”이라는 점입니다. 시행까지 시간이 남아 있는 지금이 점검하기 가장 좋은 시기입니다.

1. 보유 토지의 사업용/비사업용 상태를 지목별로 확인 — 특히 오래 보유한 나대지, 잡종지, 임야
2. 재산세 과세 유형 확인 — 재산세 고지서의 종합합산 / 별도합산 / 분리과세 구분이 1차 판단 기준이 됩니다
3. 공장 부지의 기준면적 초과 여부 계산 — 건축물 바닥면적 대비 부지 면적 비율
4. 농지 임대 중이라면 농지법상 적법 임대차인지 점검
5. 개인 명의 공장의 수용·이전 일정이 있다면 2026년 내 진행 가능성 검토
6. 가업승계 예정 제조업체는 2027년 7월 이전 상황을 전문가와 시뮬레이션
7. 유휴 토지는 사업용 전환 가능성 검토 — 기간 요건상 사업용 인정까지 시간이 필요합니다

마지막 항목이 특히 그렇습니다. 사업용 토지로 인정받으려면 앞서 본 기간 요건(직전 3년 중 2년 등)을 충족해야 하는데, 이는 지금 당장 용도를 바꾼다고 내년에 바로 인정되는 구조가 아니라는 뜻입니다. 2028년 시행을 기준으로 역산하면 준비 시간이 생각보다 넉넉하지 않습니다.

자주 묻는 질문

Q. 2028년 전에 팔면 현행 세율이 적용되나요?

개편안대로 확정된다면 비사업용 토지 관련 세 항목은 모두 “2028년 1월 1일 이후 양도하는 분”부터 적용됩니다. 양도 시점 기준이므로 그 이전 양도분에는 현행 규정이 적용됩니다. 다만 양도 시기 판단(잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날)에 따라 결론이 달라질 수 있어 개별 확인이 필요합니다.

Q. 공장 부지도 세금이 오르나요?

정상적으로 가동 중인 공장 부지는 재산세 별도합산 대상이며, 별도합산토지 종부세 세율은 이번 개편안에서 변동이 없습니다. 다만 건축물 바닥면적 대비 기준면적을 초과하는 부지 부분은 비사업용으로 분류될 수 있으므로, 부지가 넓은 공장일수록 확인이 필요합니다.

Q. 상속받은 농지도 비사업용인가요?

상속받은 농지에 대해서는 일정 기간 사업용으로 보는 예외 규정이 있습니다. 다만 상속 시점, 피상속인의 자경 여부, 상속인의 재촌 여부 등에 따라 판단이 달라지므로 일률적으로 답하기 어렵습니다. 개별 사안별 세무 검토가 필요합니다.

Q. 이 개편안은 확정된 건가요?

아닙니다. 2026년 8월 3일 정부가 발표한 개편안이며, 국회 심의·의결을 거쳐야 확정됩니다. 심의 과정에서 세율이나 적용시기가 조정될 수 있으므로 연말 국회 처리 결과를 확인하셔야 합니다.

Q. 개인 명의 공장이 수용될 예정인데 어떻게 해야 하나요?

공익사업에 따른 공장 이전 시 양도소득세 분할납부 특례는 개편안에서 적용 대상이 내국법인으로 축소되며, 2026년 12월 31일 이전에 거주자가 이전·양도하는 분까지는 종전 규정이 적용되는 경과조치가 있습니다. 진행 중인 사업의 보상·이전 일정을 확인하시고 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.

마치며

이번 개편안을 한 줄로 정리하면 “쓰는 땅은 그대로, 놀리는 땅은 무겁게”입니다. 별도합산토지 세율을 손대지 않고 종합합산토지만 올린 것, 비사업용 토지에만 세 겹의 장치를 얹은 것 모두 같은 방향을 가리킵니다.

시화·반월과 송산테크노파크 일대처럼 산업용 토지와 유휴 토지가 섞여 있는 지역에서는, 같은 필지라도 사용 현황에 따라 2028년 이후 세부담이 크게 갈릴 수 있습니다. 지금 확인해 두는 것과 2027년 말에 확인하는 것의 차이는, 대응할 시간이 있느냐 없느냐입니다.

---

참고자료

• 재정경제부, 「2026년 세제개편안(상세본)」, 2026년 8월 3일 발표