임대주택·미분양주택 양도세 특례 정비 — 조정지역 매입임대 아파트, 2027년 말이 갈림길

1990년대에 만들어진 임대주택·미분양주택 양도소득세 감면 제도들이 아직 살아 있습니다. 기한이 없었기 때문입니다. 2026년 세제개편안은 여기에 양도기한을 설정해 사실상 종료 시점을 못박습니다.

동시에 조정대상지역 매입임대 아파트에 주던 양도세 중과배제 혜택도 단계적으로 폐지됩니다. 자동 등록말소된 4년 단기·8년 장기일반 매입임대 아파트를 보유 중이라면 처분 일정이 급해집니다.

한눈에 보는 요약

제도	현행	개편안
장기임대주택 양도세 감면	기한 없음	수도권 아파트 2029년 말 / 그 외 2031년 말
신축임대주택 양도세 감면	기한 없음	동일
미분양주택 과세특례	기한 없음	동일
비거주자 주택취득 감면	기한 없음	2028년 말까지 양도
장기임대주택 장특공제 가산	거주자·비거주자	거주자만
조정지역 매입임대 아파트 중과배제	기한 없음	2027년 말까지

1. 양도기한이 생깁니다 — 사실상 종료 예고

세 제도가 같은 기한을 부여받습니다. 수도권 아파트는 2029년 12월 31일, 수도권 아파트 외는 2031년 12월 31일까지 양도해야 감면이 적용됩니다.

장기임대주택 양도소득세 감면

감면율은 그대로입니다. 10년 이상 임대했거나, 5년 이상 임대한 건설임대, 5년 이상 임대한 매입임대는 100% 감면입니다. 다만 1995년 1월 1일 이후 취득·임대개시하고 취득 당시 미입주 주택인 경우에 한정됩니다. 그 외는 50%입니다.

신축임대주택 양도소득세 감면

국민주택규모(85㎡) 이하로, 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일 사이에 신축됐거나 그 이전 신축된 미입주 공동주택을 5년 이상 임대한 경우 100% 감면입니다.

미분양주택 과세특례

서울시 외 지역 국민주택규모 이하 미분양주택을 1995~1997년 또는 1998년 중 취득해 5년 이상 보유·임대한 경우, 양도세율 20% 적용 또는 종합소득세 납부 중 선택할 수 있습니다.

비거주자 주택취득 감면

국내사업장이 없는 비거주자가 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일 사이에 취득한 주택에 10% 감면을 적용하던 제도입니다. 2028년 12월 31일 이전 양도분까지로 기한이 설정됩니다. 다른 제도보다 기한이 짧습니다.

2. 장기임대주택 장특공제 가산, 비거주자는 제외

2018년 3월 31일 이전에 사업자등록한 임대주택을 6년 이상 임대하면 장기보유특별공제율에 임대기간별로 2~10%p를 가산해 줍니다. 6~7년 2%, 7~8년 4%, 8~9년 6%, 9~10년 8%, 10년 이상 10%입니다.

지금은 거주자와 비거주자 모두 적용받습니다. 개편안은 거주자만으로 좁힙니다. 국내에 주소나 183일 이상의 거소를 두지 않은 개인은 제외됩니다.

적용은 2029년 1월 1일 이후 양도분부터입니다. 해외 거주 중이면서 국내 임대주택을 보유한 경우, 처분 시점을 2028년 안으로 앞당길지 검토할 필요가 있습니다.

3. 조정대상지역 매입임대 아파트 — 3단계로 정리됩니다

가장 시급한 항목입니다. 임대의무기간이 끝나 자동 등록말소된 조정대상지역 소재 4년 단기매입임대주택과 8년 장기일반매입임대주택 중 아파트가 대상입니다.

1단계 — 양도세 중과배제, 2027년 말까지

다주택자가 조정대상지역 주택을 양도할 때 적용되던 중과배제 혜택에 기한이 생깁니다. 2027년 12월 31일 이전 양도분까지입니다.

다만 예외 기산점이 있습니다. 2027년 1월 1일 기준 의무임대가 진행 중이거나, 신규로 조정대상지역에 지정됐거나, 재건축·재개발이 진행 중인 경우에는 의무임대 종료일, 지정 공고일, 이전고시일 중 가장 늦은 날부터 1년입니다.

시행일이 2026년 10월 1일 이후 양도분이라 시간이 얼마 없습니다.

2단계 — 법인세 추가과세 배제도 동일

법인이 주택을 양도하면 양도소득에 20% 세율을 적용한 금액을 법인세로 추가 과세합니다. 민간매입임대주택은 여기서 제외돼 왔는데, 조정대상지역 매입임대 아파트에 대해서는 2027년 12월 31일 이전 양도분으로 한정됩니다. 기산점 예외는 위와 같습니다.

3단계 — 2028년에는 절반만

2028년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 양도하는 경우를 위한 완충 장치가 신설됩니다.

• 중과·추가과세 세율의 1/2 적용 — 개인은 2주택 +10%p, 3주택 이상 +15%p (기본세율 6~45%에 가산), 법인은 10%
• 장기보유특별공제 우대율 축소 — 임대기간 중 양도소득에 대해 현행 우대공제율 50% 대신 30% 적용

정리하면 이렇습니다. 2027년 말까지 팔면 중과배제, 2028년에 팔면 절반 중과, 2029년부터는 전액 중과입니다.

4. 상생임대주택에도 양도기한이 붙습니다

상생임대차계약(직전 계약 대비 임대보증금·임대료 증가율 5% 이내, 2년 이상 임대)으로 1세대 1주택 거주요건 2년을 면제받는 제도입니다. 여기에 양도기한 요건이 추가됩니다.

상생임대차계약 종료 시점	양도기한
2026년 12월 31일 이전	2027년 12월 31일까지
2027년 1월 1일 이후	계약 종료 후 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날

거주요건 면제만 받아두고 처분을 미루는 방식은 이제 통하지 않습니다.

처분 일정표

기한	해당 항목
2026.10.1.	조정지역 매입임대 아파트 중과배제 기한 규정 시행
2027.12.31.	조정지역 매입임대 아파트 중과배제·법인세 추가과세 배제 종료 / 2026년 말 이전 종료된 상생임대차계약 주택 양도기한
2028.12.31.	조정지역 매입임대 아파트 절반 중과 구간 종료 / 비거주자 주택취득 감면 종료
2029.1.1.	장기임대주택 장특공제 가산, 비거주자 적용 제외
2029.12.31.	장기임대·신축임대·미분양주택 감면 종료 (수도권 아파트)
2031.12.31.	장기임대·신축임대·미분양주택 감면 종료 (수도권 아파트 외)

정리하면

이번 개편안의 임대주택 관련 항목은 제도를 없애는 게 아니라 만료일을 붙이는 방식입니다. 감면율도 요건도 그대로 두고 언제까지 팔아야 하는지만 정했습니다.

보유자 입장에서는 계산이 단순해집니다. 감면을 받으려면 그 날짜 전에 팔아야 하고, 넘기면 일반 과세입니다.

가장 급한 쪽은 조정대상지역 매입임대 아파트입니다. 2027년 말과 2028년 말 사이에 세부담이 크게 갈리고, 시행일이 2026년 10월 1일로 잡혀 있습니다. 해당 주택을 보유 중이라면 등록말소 시점과 기산점 예외 해당 여부부터 확인하시기 바랍니다.

수도권 아파트와 그 외를 나눠 기한을 다르게 준 것도 눈여겨볼 지점입니다. 수도권 아파트를 먼저 시장에 나오게 하려는 설계로 읽힙니다.

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참고자료

• 재정경제부, 「2026년 세제개편안(상세본)」, 2026년 8월 3일 발표