다주택자 장기보유특별공제 축소 검토 — 보유 전략, 지금 전면 재설계해야 하는 이유

안녕하세요.
화성 송산면에서 현장을 발로 뛰고 있는 대교부동산 대표 팩토리김사장입니다.
토지와 공장 중개를 하다 보니, 다주택을 보유한 사업주분들의 세금 고민을 정말 많이 접하게 됩니다.
특히 최근 들어 가장 많이 받는 질문이 이겁니다.
“대표님, 저 집 몇 채 갖고 있는데요. 이번에 세금이 또 바뀐다는데 팔아야 합니까, 그냥 버텨야 합니까?”
오늘은 바로 이 질문에 답하기 위해, 2026년 5월 현재 가장 뜨거운 부동산 세제 이슈인 장기보유특별공제(장특공제) 축소 검토에 대해 20년 현장 경험을 바탕으로 최대한 실질적으로 정리해 드리겠습니다.
끝까지 읽어주시면 큰 도움이 되실 겁니다.

1. 장기보유특별공제란 무엇인가

장기보유특별공제(이하 ‘장특공제’)는 부동산을 일정 기간 이상 보유하다가 팔 때, 양도차익의 일정 비율을 세금 계산 대상에서 빼주는 제도입니다.
소득세법 95조에 근거하며, 오래 가지고 있을수록 세금을 덜 내는 구조입니다.
현행 장특공제율을 정리하면 아래와 같습니다.

예를 들어 비거주 주택을 15년 이상 보유하면, 양도차익 5억 원 중 1억 5천만 원이 과세 대상에서 빠집니다.
이 30%가 이번 정책 논의의 핵심입니다.

※ 참고 법령: 소득세법 제95조 장기보유특별공제 (국가법령정보센터)

2. 2026년 5월, 왜 지금이 변곡점인가

현장에서 뛰다 보면 부동산 세제가 몇 번이나 바뀌는 걸 봤습니다. 그런데 이번만큼 한꺼번에 두 가지가 동시에 흔들리는 경우는 처음입니다.

첫 번째: 양도세 중과 유예가 5월 9일 종료됩니다

2022년 5월 10일부터 4년간 유지됐던 다주택자 양도세 중과 유예가 2026년 5월 9일부로 끝납니다.
이후 조정대상지역 다주택자는 기본세율에 추가로 2주택자 +20%p, 3주택 이상 +30%p의 중과세율이 다시 붙습니다.

두 번째: 장특공제까지 손본다는 신호가 나왔습니다

이재명 대통령이 직접 SNS를 통해 이렇게 밝혔습니다.

“살지도 않을 집에 오래 투기했다고 세금 깎아주는 비정상을 정상화하는 게 세금폭탄이냐”

비거주 주택에 최대 40%까지 장특공제를 적용하는 현행 제도가 비정상이라는 인식을 대통령이 직접 표명한 겁니다. 관계 부처는 현재 비거주자 장특공제를 축소하거나 단계적으로 폐지하는 방안을 전면 검토 중이며, 구체적인 방안은 2026년 5월 말 발표 예정입니다.

세제의 두 기둥이 동시에 흔들리고 있습니다

지금까지 다주택자 절세 전략은 두 기둥 위에 서 있었습니다.

• 기둥 1: 중과 유예 → 일반 누진세율 적용
• 기둥 2: 장특공제 → 보유기간에 따라 최대 30% 차익 공제

5월 10일부터 기둥 1이 사라집니다. 기둥 2마저 흔들린다면, “오래 버티면 유리하다”는 공식이 정반대로 뒤집힙니다.

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3. 정부가 검토 중인 개편 방향과 세금 변화

현재 정부 내부에서 논의되는 방향은 크게 세 가지입니다.

방향 1 — 비거주 보유 기간 공제율 대폭 축소 3년 이상 비거주 시 공제율을 현행 대비 절반 수준으로 낮추는 방안이 거론되고 있습니다.

방향 2 — 비거주 1주택자 공제율 단계적 폐지 실거주하지 않는 1주택자의 장특공제를 단계적으로 없애는 방식입니다. 이 경우 공제율이 최대 48%에서 8%로 급락하는 시나리오가 나옵니다.

방향 3 — 거주 기간 기준으로 제도 재편 보유 기간이 아닌 거주 기간을 기준으로 공제를 재편해, 실거주자에게 혜택을 집중하는 방식입니다.

세금 변화 간단 시뮬레이션

조건: 조정대상지역 아파트 / 취득가 5억 → 매도가 10억 / 보유 15년 / 비거주

구분	유예 기간 중 (현재)	중과 재개 후	장특공제 축소 시
양도차익	5억 원	5억 원	5억 원
장특공제	1억 5천만 원 (30%)	0원 (배제)	약 4천만 원 (8% 가정)
예상 세 부담	약 1.1억	약 2.3억 이상	약 2.1억 이상

※ 이 수치는 이해를 돕기 위한 단순 예시입니다. 실제 세금은 공제 항목, 기본공제, 지방소득세 등에 따라 크게 달라질 수 있으므로 반드시 세무사와 상담하세요.

※ 참고: 국세청 양도소득세 세율 안내

4. 지금 당장 확인해야 할 체크리스트

정책이 확정되기 전, 다주택자라면 지금 당장 아래 항목을 점검하시기 바랍니다.

보유 주택 현황 정리

• 조정대상지역 내 주택 수 확인
• 각 주택의 취득일, 보유 기간, 실거주 여부 정리
• 분양권·조합원입주권 포함 실질 주택 수 재산정 (2021년 이후 취득 분양권은 주택 수에 포함)

매도 타이밍 검토

• 5월 9일까지 계약 + 계약금 지급 완료 여부 확인 (잔금·등기는 이후 가능)
• 조정지역 신규 지정 해당 여부 확인 (최대 6개월 추가 유예 가능)
• 세입자 이사 일정과 연계한 매도 타임라인 수립

절세 전략 검토

• 분할 양도 가능 여부 (여러 해에 걸쳐 분산 매도 → 누진세율 구간 낮춤)
• 증여 활용 가능 여부 (자녀 부담부 증여 → 양도세·증여세 분산)
• 임대사업자 등록 과세특례 활용 가능 여부

5. 포트폴리오 재편 시 고려할 수 있는 방향

정책 방향이 확정되지 않은 상황에서 섣불리 움직이는 것도, 아무것도 안 하는 것도 위험합니다.
지금 할 수 있는 가장 현명한 접근은 시나리오별 대응 전략을 미리 세워두는 것입니다.

시나리오 A — 비거주 장특공제가 대폭 축소되는 경우
비거주 기간이 긴 고가 주택부터 매도 타이밍을 재검토해야 합니다. 단, 급매는 가격 손실로 이어질 수 있으므로 세금 절감 효과와 매도 손실을 반드시 비교해 보세요.
시나리오 B — 거주 기간 중심으로 제도가 재편되는 경우
실거주 여부가 세금의 핵심 변수가 됩니다. 보유 주택 중 직접 거주할 수 있는 주택의 거주 기간을 늘리는 전략을 검토하고, 신규 취득 시 실거주 가능성을 최우선 기준으로 삼아야 합니다.
시나리오 C — 정책이 예상보다 온건하게 마무리되는 경우
조정지역 내 우량 주택은 중과 재개 후에도 장기 보유 전략이 여전히 유효할 수 있습니다. 비조정지역 주택은 현행 장특공제 혜택이 유지될 가능성이 높아 상대적으로 안정적입니다.

6. 자주 하시는 질문 (FAQ)

7. 대교부동산 대표의 힉심정리

현장에서 수많은 매도·매수를 지켜보면서 느낀 것이 있습니다.
세금만 보고 결정하면 후회하는 경우가 많습니다.
세금 부담이 늘더라도, 해당 주택의 향후 가격 상승 가능성, 전세 수익, 매도 시 시장 상황이 더 중요한 변수일 때가 많습니다. 세금 절감을 위해 우량 자산을 급매했다가 더 큰 손실을 보신 분들을 여럿 봤습니다.
또 하나. 이번 변화는 방향이 중요합니다.
이 정부가 부동산 세제를 어느 쪽으로 가져가는지를 읽는 것이 핵심입니다. 비거주 투자용 보유에 불리하게, 실거주자에게 유리하게라는 방향은 이미 뚜렷합니다. 이 방향에 맞게 포트폴리오 전략을 중장기적으로 재설계하는 것이 필요한 시점입니다.
오늘 내용을 한 줄로 요약하면 이렇습니다.
“5월 9일이 기준선이고, 5월 말이 방향 확인선입니다.”
지금 당장 해야 할 것은 딱 하나입니다. 본인의 보유 주택 목록을 조정지역 여부, 보유 기간, 실거주 여부로 정리해서 세무사에게 시뮬레이션을 요청하는 것입니다.
정책이 확정된 후에는 선택지가 줄어듭니다. 지금이 가장 많은 옵션을 갖고 있는 시점입니다.
공장·토지·부동산 세금 관련 실무 문의는 언제든지 편하게 연락 주세요.

대교부동산 오시는 길 및 문의 안내

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📞 문의: 대교부동산 팩토리 김사장 010-8983-5500 | 카카오톡 ID: torami

⚠️ 이 글은 세무 상담을 대체하지 않습니다. 개인별 세금 상황은 반드시 세무사 또는 공인회계사와 상담 후 결정하시기 바랍니다.

참고 자료

• 파이낸셜뉴스, “양도세 중과에 이어 장특공제 손보나…비거주에 축소·폐지 검토”, 2026.05.03
• 뉴스1, “李 ‘안 살면 투기’…비거주 1주택 장특공제 폐지시 공제율 48→8% ‘뚝'”, 2026.04.24
• 삼일PwC, “다주택소유자라면 알고 있어야 할 세금에 관한 지식”
• 소득세법 제95조 (국가법령정보센터)
• 국세청 양도소득세 안내
• 조정대상지역 현황 (국토교통부)